Universitas Qomaruddin Gresik mendapatkan pengesahan dengan SK. Nomor 2/KPT/I/2019, tertanggal 23 Januari 2019 dan diresmikan oleh Menristekdikti, Prof. Mohammad Nasir, Ph.D. Ak., pada 31 Januari 2019/23 Jumadil Ulaa 1440 H. Universitas ini merupakan hasil marger dari dua Sekolah Tinggi yang ada di bawah Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin Sampurnan, Bungah Gresik, yaitu Sekolah Tinggi Teknik Qomaruddin (STTQ) dan Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Qomaruddin (STKIP) Gresik.
Sejarah kehadiran Universitas Qomaruddin (UQ) ini tidak dapat dipisahkandari sejarah Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin (YPPQ), karena memang universitas ini, berada di bawah naungannya. Ide kelahirannya, muncul dari KH R. Ahmad Muhammad Alhammad, Pemangku Pondok Pesantren ketujuh. Beliau bercitacita adanya institusi perguruan tinggi di lingkungan Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin, untuk memberi jawaban dan solusi dari kebutuhan masyarakat akan hadirnya pendidikan tinggi. Ketika itu, beliau mengusulkan sebuah nama, yaitu Universitas Qomaruddin.
Universitas Qomaruddin berkedudukan di Kota Gresik, Jawa Timur, yang berada di bawah lingkungan Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia
Cikal bakal lahirnya Universitas ini adalah bermula dari inisiatif Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin mendirikan Sekolah Tinggi Teknik (STT) Qomaruddin Gresik dengan SK Mendiknas RI Nomor 53/D/O/2004 pada tanggal 6 April 2004, disusul kemudian pada tanggal 6 Mei 204 Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Qomaruddin Gresik dengan SK Mendikbud RI Nomor 04/E/O/204. Kemudian, seperti dijelaskan sebelumnya, pada tanggal 3 Januari 209, kedua Sekolah Tinggi ini, dengan mengikuti kebijakan pemerintah, akhirnya dimerger menjadi satu, dengan nama baru Universitas Qomaruddin.
Saat ini, Universitas Qomaruddin atau dikenal dengan singkatan UQ memiliki dua fakultas, yaitu Fakultas Teknik dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, dengan 6 Program Studi; 4 Program Studi berasal dari Fakultas Teknik, yaitu Program Studi Teknik Informatika, Teknik Industri, Teknik Mesin dan Teknik Elektro. Selanjutnya 2 Program studi lainnya berasal dari Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, yaitu Program Studi Pendidikan Matematika dan Pendidikan Bahasa Inggris.