Struktur Organisasi dan Tata Kerja di lingkungan Universitas Qomaruddin mengacu pada Keputusan Pengurus Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin Nomor : 0/YPPQ/E9.02/III/209. Struktur Organisasi Universitas Qomaruddin terdiri atas organ sebagai berikut:

Organisasi UQ
Organisasi UQ