Universitas memiliki lambang sebagaimana terlukis di bawah ini:
(1). Lambang Universitas sebagaimana tercantum pada ayat (1) terdiri dari unsurunsur sebagai berikut:
a. bentuk lambang adalah garis lengkung yang membentuk lima sudut.
b. lambang Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin.
c. menara kusuma buana dengan kubah membentuk lafadl Allah.
d. kitab berwarna kuning bergaris empat.
e. pena bulu angsa pecahan sembilan berwarna putih.
f. jagat (bumi) yang terdiri dari laut dan daratan.
g. sembilan kurung kurawal.
h. garis bujur berjumlah enam. dan
i. garis lintang berjumlah lima.
(2). Warna lambang.
a. dasar biru laut.
b. dasar lambang Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin berwarna kuning
c. menara berwarna putih.
d. kitab berwarna kuning.
e. pena bulu angsa berwarna putih.
f. jagat (bumi) yang lautnya berwarna biru serta daratan berwarna hijau. dan
g. sembilan kurung kurawal berwarna hitam.
(3). Arti lambang:
a. garis lengkung membentuk lima sudut, melambangkan sila-sila dari Pancasila.
b. menara kusuma buana, melambangkan kekokohan.
c. garis bujur berjumlah enam, melambangkan rukun iman.
d. Sembilan kurung kurawal berwarna hitamyang menyatu membentuk sekuntum bunga, melambangkan keindahan, kemegahan, yang harumnya menyebar kemana-mana dan ikatan perjuangan Nahdlatul Ulama.
e. dasar lambang Yayasan Pondok Pesantren Qomaruddin berwarna kuning, melambangkan keagungan.
f. menara putih, melambangkan dakwah menuju kejayaan islam dengan menyebarkan ilmu pengetahuan ke segenap penjuru nusantara.
g. kitab berwarna kuning dan pena bulu angsa berwarna putih pecahan sembilan, melambangkan pendidikan dan pengajaran dengan tetap mempertahankan pondok pesantren beserta para alim ulama’.
h. buku bergaris empat melambangkan empat dasar yang dipegang teguh yaitu, al-Qur’an, Hadits, Ijma’, dan Qiyas.
i. jagat (bumi)yang terdiri dari laut yang berwarna biru dan daratan yang berwarna hijau, melambangkan kemakmuran dan kesejahteraan. dan
j. garis lintang berjumlah lima, melambangkan rukun Islam.